לישראל הסכמי אזור סחר חופשי בילטרליים עם מדינות שונות, במסגרתם הוסרו המכסים על הסחר בסחורות. על מוצרי מזון וחקלאות עדיין מוטל מכס, אולם במסגרת מכסה שנתית המפורטת בהסכמים הבילטרליים עם כל מדינה, ניתן לייבא חלק ממוצרי מזון וחקלאות הטובין בפטור ממכס או במכס בשיעור מופחת. האפשרות לייבא במסגרת מכסה בפטור ממכס או במכס מופחת טעונה קבלת רישיון. לאחר חגי תשרי, בחודש אוקטובר משרד הכלכלה מיידע את הציבור על חלוקת רישיונות היבוא במכסות פטורות ממכס או מופחתות מכס באמצעות פרסום בשני עיתונים יומיים, כמו גם באתר האינטרנט.
מכסות יבוא הן היתרים שמעניקה הממשלה ליבואנים לייבא כמות מסוימת של מוצרים שעליהם מוטל מכס גבוה יחסית, בשיעור מכס מופחת או בפטור ממכס. יש סוגים שונים של מכסות, אך ניתן לחלקן לשני סוגים: מכסות יבוא חד־פעמיות, המכוונות להתמודד עם מצב חריג, כמו בצורת, מחלות או סערות הפוגעות בייצור ירקות, גבינה או בשר. מכסות אלו מאפשרות ייבוא בהיקף מסוים - בחלק מהמקרים, גם על ידי יצרן מקומי - כדי לפתור את המצוקה החד־פעמית.
הסוג השני של מכסות יבוא הוא של מכסות קבועות - הוראה או צו, המתירים ייבוא שנתי קבוע של מוצרים מסוימים במכס מופחת או בפטור, כשהגבלת המכסה היא לפי כמות מסוימת או אחוז מסוים מהביקוש המקומי השנתי למוצרים אלו.
מכסות היבוא הן ניסיון של הממשלה לפצות על הפגיעה בצרכן, שנגרמת בעקבות מכסים גבוהים שהוטלו על ייבוא מוצרים. מכסים גבוהים יוצרים שתי בעיות כלכליות וצרכניות מרכזיות: ראשית, עצם קיום היטל מכסי גבוה גורם לכך שהייצור המקומי של המוצרים המוגנים במכס יהיה בזבזני ולא יעיל - כשאת המחיר על כך משלמים הצרכנים פעם ראשונה, היצרנים פעם שנייה, והצרכנים פעם שלישית.
במלים אחרות, מכס גבוה גורם לכך שמוצרים מסוימים לא ייובאו, וכופה על הצרכן לרכוש מוצר דומה מייצור מקומי במחיר גבוה יותר. כך נפגע הצרכן בפעם הראשונה. יצרנים מקומיים, בתורם, נפגעים מכך שאין להם אפשרות לייבא חומרי גלם לייצור במחיר זול יותר, ולכן ייצור המוצרים הסופיים יקר יותר עבורם. וכמובן, מחיר הייצור הגבוה יותר הופך, בתורו, לפגיעה שנייה בצרכן. אם להשתמש בדוגמה מוכרת: מס הבלו המוטל על דלק מייקר את מחירו עבור כל צרכן בתחנת הדלק, מייקר את הייצור של כל המוצרים במשק עבור כל היצרניות, ומכאן - גם עבור כל הצרכנים.
סיבה אחרת למכסות יבוא היא התמודדות עם תנודות חריפות בזמינות מוצרים, העלולות להוביל למצב בו הביקוש גדול בהרבה מההיצע, וכתוצאה מכך נוצרת עלייה חריפה במחירי המוצרים. המכסות נועדו כאן "לרכך" את העלייה במחיר, עד שההיצע ישוב לאיתנו והמחיר של המוצר ירד באופן טבעי לרמה הרגילה שלו.
מכסות יבוא חד־פעמיות הן הרע שאינו במיעוטו: הן אינן מונעות פגיעה בצרכנים ואף עלולות לתגמל יבואנים או יצרנים מסוימים באופן הפוגע בתחרות. תיאוריות כלכליות רבות מצביעות על כך שלמחירים יש נטייה להיות "דביקים" בדרך למטה. כלומר, מחירי מוצרים ושירותים נוטים לעלות בחדות, אך יורדים באופן מתון הרבה יותר. הסיבה העיקרית לכך היא שכאשר מחירי חומרי הגלם שבבסיס הייצור עולים, היצרן חש בעליה באופן מידי, ומגיב בהעלאת מחיר מוצריו. לעומת זאת, כאשר מחירי חומרי הגלם יורדים, היצרן יתמהמה בהפחתת המחירים, אלא אם כן יש לו מתחרים.
מכסות יבוא חד־פעמיות מוחלות ברוב המקרים על מוצרים שבהם אין תחרות, כלומר, על מוצרים שבימים כתיקונם מוטל עליהם מכס, המרתיע יבואנים מכניסה לשוק. זהו צעד חירום, שחל על המצב היום, אך יתבטל מחר. במצב כזה, אין ליצרן המקומי או ליבואן החד-פעמי סיבה להפחית את המחיר במהירות. למעשה, המצב המיטבי מבחינת שניהם הוא לשמור על מחיר מוצר נמוך רק במעט מהמחיר הגבוה מאוד, שהביא את הממשלה להתיר מכסה חד-פעמית.
נזק אחר של מכסות חד-פעמיות נובע מכך שהן אינן הוגנות. בשוק, כאשר יש עודף ביקוש על ההיצע, המחירים עולים, והשוק מגיב על כך. לדוגמה, נאמר שעל יבוא חלב עיזי הרים מוטל מכס של 50%, ומשום כך יש רק קומץ יבואנים העוסקים ביבוא חלב עיזי הרים איכותי מההימלאיה. יום אחד נתקפות כל עיזי ההרים בישראל חרדת גבהים זמנית, והיצע חלב עיזי ההרים צונח. מחיר החלב מוכפל, ולפתע כדאי ליבואנים הקיימים לייבא הרבה יותר חלב עיזי הרים - תהליך שהיה מוביל באופן טבעי לירידה במחיר החלב. אלא שכאן מתערבת הממשלה עם מכסה חד-פעמית בפטור ממכס, וגורמת לכך שכל היבואנים הישרים, שהגיבו לאיתות מהשוק (כלומר, רכשו כמות גדולה יותר של חלב עיזי הרים בחו"ל), יצאו נפגעים, שעה שאחרים יצאו נשכרים. במצב כזה, בו הממשלה קובעת מי יהיו המנצחים והמפסידים בשוק, יש רק מפסיד וודאי אחד - הצרכן.
לעומת זאת, מכסות קבועות, שאינן משתנות לפי העונה, הגחמה או הסערה המזדמנת, הן הרע במיעוטו. כפי שמלמד אותנו ניסיון העבר, מכסה קבועה במכס נמוך, בהיקף משמעותי מהביקוש בשוק, מביאה להגברת התחרות בשוק ולירידה במחירי מוצרים. לאחרונה פורסמו, למשל, נתוני משרד הכלכלה בנוגע להשפעת הורדות המכסים בשווקי הבשר והגבינה, ולפיהם מחירי הגבינות הצהובות ירדו ב־8% ומחירי הבשר ירדו ב־12% בעקבות פתיחת מכסות ליבוא פטור ממכס למוצרי מזון אלו. במשק החלב עומד שוק הגבינות הקשות בישראל על יותר מ־35 אלף טונות בשנה, כאשר במסגרת פתיחת השוק חילק משרד הכלכלה ב־2016 מכסות ליבוא פטור ממכס של גבינות קשות בהיקף 5,300 טונות, מהן ניצלו היבואנים 96%. בשוק הבשר, חולקו, בסך הכל, בשנת 2016 מכסות של 7,300 טונות, מתוכם יובאו בפועל כ־6,400 טונות בשר לשוק שצורך כ־20 אלף טונות בשנה.
עד כאן טוב ויפה, אלא שהירידה הזו במחיר, קטנה מהירידה שאפשר היה להשיג ללא מכסה וללא מכס כלל. צרכנים ממשיכים לשלם מס כפול: מס על כך שהמכסה קטנה מהביקוש; ומס "סיכון", המבטא את תנאי אי הוודאות שבהם פועלים יבואנים כשהם בונים מערך יבוא: היום השר מתיר מכסות חלב עיזי הרים נדיבות, מחר אולי יהיה שר אחר, שלאשתו יש חוות עיזי הרים בגליל; ומחרתיים, אולי, שרת הכלכלה והתעשייה תהיה שלי יחימוביץ'.